Sejak dibuka pembelajaran tatap muka untuk tingkat SD dan SMP di Kota Samarinda Provinsi Kalimantan Timur, penerapan protokol kesehatan (Prokes) di sekolah menjadi perhatian paling serius.

SMP Negeri 18 Samarinda menerapkan standar prosedur ketat, dalam menyelenggarakan pembelajaran tatap muka (PTM) selama masa pandemi. Aturan ini bertujuan untuk memutus mata rantai penularan COVID-19. SMPN 18 juga berusaha mengatur siswa dan guru untuk melaksanakan protokol kesehatan dengan baik.

Beberapa wastafel untuk mencuci tangan, pengukur suhu tubuh, pengaturan jarak tiap siswa di kelas, semua kita atur ketat di sekolah ini. Sekolah juga menyiapkan masker cadangan untuk mengantisipasi jika ada siswa yang lupa membawa masker.